我國的自然保護區建設在取得成效的同時，也存在很多問題。有的保護區劃定的不夠科學，很多地方為爭取上級財政補貼，在沒有經過科學論證的情況下，隨意申請劃定自然保護區；有的因為各種創建活動，過分追求保護區面積的增加等。這些問題的存在，導致部分自然保護區目前仍然存在保護區邊界范圍不清楚和功能規劃分區不明確的問題，這和探礦權、采礦權退出自然保護區息息相關。因為探礦權采礦權退出自然保護區必須界定兩個問題：一是要界定探礦權采礦權是不是在自然保護區范圍內，二是要界定探礦權采礦權是不是在自然保護區的核心區和緩沖區范圍內。

一是自然保護區的邊界范圍不清楚。根據《自然保護區條例》規定，“自然保護區的范圍和界線由批準建立自然保護區的人民政府確定，并標明區界，予以公告。”

但實踐中，基于當時申請劃定自然保護區的不科學，管理上的粗放和混亂，特別是土地權屬的矛盾，導致相當部分自然保護區在建立時沒有明確的坐標，自然保護區的邊界范圍并不清楚。

如果自然保護區的邊界范圍不清楚，直接導致如何認定探礦權和采礦權是否在自然保護區范圍內這個問題的出現。如果不能確認探礦權采礦權在自然保護區范圍內，就不能適用自然保護區的相關規定，要求探礦權采礦權退出就缺乏充足的法律依據。

二是自然保護區的功能分區不明確。按照《自然保護區條例》的規定，自然保護區可以分為核心區、緩沖區和實驗區。不同的功能分區保護力度是不一樣的，其中核心區和緩沖區內范圍內不允許建設任何生產設施，嚴格控制人類活動，實驗區范圍則允許有一定的生產設施和建設項目。

但實踐中我國已有的自然保護區還有相當比例沒有明確劃分功能區。根據十部門57號文件，要求探礦權采礦權必須退出的是自然保護區的核心區和緩沖區。所以，判斷探礦權采礦權是否處于核心區和緩沖區就非常關鍵，如果自然保護區沒有劃定核心區和緩沖區，那么認定探礦權采礦權必須退出也是存在爭議的。

無論是目前自然保護區的法律政策還是礦產開發的實際需要，對探礦權采礦權退出自然保護區都應該區別對待，切不可搞“一刀切”的政策。無數次歷史經驗證明，“一刀切”、“層層加碼”的政策往往是矯枉過正，用力過頭，無法達到自然保護區和礦產資源開發的利益平衡，無法實現保護生態環境的初衷。

根據《自然保護區條例》的規定，禁止在自然保護區內開礦、采石、挖沙等行為，從礦產資源開發利用的角度，可以看出所禁止的是采礦行為，并沒有禁止探礦行為。

《自然保護區條例》第二十七條規定，進入自然保護區核心區的科學研究觀測、調查活動應當經自然保護區行政主管部門批準。所以，進入自然保護區的核心區的公益性、基礎性地質調查活動，也應當得到自然保護區行政主管部門的批準。但在辦理審批手續時，應當通過環境影響評價的程序，來評估地質調查活動對環境造成的影響。

而對采礦權退出自然保護區，可通過兩種途徑，一、對邊界范圍和功能分區明確的自然保護區，所有礦業權可一律退出。二、而對邊界范圍和功能分區不明確，甚至盲目追求“高大上”且沒有保護功能的自然保護區，則可以通過調整自然保護區范圍的方式使部分采礦權合法化，從而達到“退出”的目的。

前文提到，截止到2015年，我國自然保護區保護面積達到14702.8萬公頃，約占整個國土面積的14.8%。礦產資源的賦存地也多在崇山峻嶺、奇峰險川之間，和設定的自然保護區的范圍多有重疊。環境保護屬于公共利益，“環保優先”是一個普遍的原則，任何以犧牲環境保護為代價的經濟發展都是不可取的。

但我們也必須認識到，礦產資源開發利用不僅僅涉及礦業權人的利益。礦產資源及能源安全是國家安全的重要組成部分，關系一國的經濟安全和社會穩定。目前世界上很多國家都將保障礦產資源安全作為國家資源戰略的首要目標。我國政府也明確提出到2020年，基本形成比較完善的能源安全保障體系，能源自給能力保持在85%左右。

所以，涉及到礦產資源開發利用問題時，應當采取“兩害相權取其輕”的基本思路，合理評估自然環境生態系統保護和礦產資源開發的利益平衡。特別是針對原來自然保護區設定不科學，保護對象、保護等級和保護區劃定范圍沒有經過科學論證的，應當經過重新科學論證、合理劃定；對涉及戰略性礦產資源勘查開采的，保護區能夠縮小范圍或者異地補劃面積的，應當調整保護區的范圍，為礦產資源開發做好鋪墊。

自然保護區的調整是有法律和政策依據的。《自然保護區條例》第十五條第一款規定：“自然保護區的撤銷及其性質、范圍、界線的調整或者改變，應當經原批準建立自然保護區的人民政府批準。”

2013年國務院印發的《國家級自然保護區調整管理規定》中明確，國家級自然保護區調整包括的范圍調整、功能區調整及更改名稱，并規定了自然保護區調整的條件、程序和審批等內容。北京、青海、陜西等多個省份也出臺了相關規定。

在前述情形均排除的情況下，自然保護區的核心區和緩沖區的采礦權，必須關停退出，涉及政府補償的，應當給予公平合理的補償。

探礦權采礦權退出自然保護區的補償問題，既有理論依據支撐，也有法律政策的保護。

“信賴保護原則”是自然保護區內合法探礦權采礦權退出獲得補償的重要理論依據。信賴保護原則是行政法中最為重要的原則，屬于行政法領域的“帝王條款”。具體是指行政相對人基于對行政主體的授益性、合意性、指導性等行政行為的信賴而產生的值得保護的利益，這種行為不得隨意撤銷或者變更，否則應對行政相對人的合法利益給予補償。因為行政行為具有確定力和公信力，所以政府要遵循基本的誠信原則，不得隨意撤銷或者變更原來生效的行政行為，確需撤銷或改變行政行為的，對于由此給相對人造成的損失應當給予補償。

從現有的法律政策來看，我國已經在較為廣泛的領域建立了行政補償制度，比如土地管理、防沙治沙、消防、防洪、水資源利用等方面都有行政補償的法律制度。《物權法》第一百二十三條規定：“依法取得的探礦權、采礦權、取水權和使用水域、灘涂從事養殖、捕撈的權利受法律保護。”

《行政許可法》第八條規定：“公民、法人或者其他組織依法取得的行政許可受法律保護，行政機關不得擅自改變已經生效的行政許可。行政許可所依據的法律、法規、規章修改或者廢止，或者準予行政許可所依據的客觀情況發生重大變化的，為了公共利益的需要，行政機關可以依法變更或者撤回已經生效的行政許可。由此給公民、法人或者其他組織造成財產損失的，行政機關應當依法給予補償。”這是行政信賴利益保護原則的重要體現，也是探礦權采礦權退出自然保護區應當給予補償的直接法律依據。

十部門57號文件中也明確提出，“對自然保護區設立之前已存在的合法探礦權、采礦權和取水權，以及自然保護區設立之后各項手續完備且已征得保護區主管部門同意設立的探礦權、采礦權和取水權，要分類提出差別化的補償和退出方案，在保障探礦權、采礦權和取水權人合法權益的前提下，依法退出自然保護區核心區和緩沖區。”可以看出，中央層面政策文件對合法探礦權采礦權退出也明確是要給予補償的。

無論是保護區成立之前設立的礦業權，還是保護區成立之后，礦業權人經過合法程序取得的探礦權、采礦權，都是基于對政府信賴形成的值得保護的利益，屬于《物權法》、《行政許可法》等法律法規規定的“信賴保護利益”，因政府原因導致利益受損的，應當給予補償。

我國行政補償原則沒有統一法律規定，不同法律中對補償原則表述不一。從適應依法行政和建設法治政府的要求來看，公平補償原則應當作為探礦權采礦權退出自然保護區行政補償的基本原則。政府及其相關部門出于保護自然保護區生態環境的需要，而使探礦權人采礦權人的合法權益遭受特別損害，能夠依據社會上公認的公平理念對探礦權人采礦權人進行補償。在補償的范圍、標準、方式和程序上做到公平合理，較好地體現了社會公共利益和礦業權人合法利益平衡的補償原則。

同時，探礦權采礦權退出自然保護區的情形比較復雜，每種情況的具體補償標準和補償范圍應當單獨考量。

對沒有完成出讓的探礦權采礦權的補償，主要體現在退還其在取得探礦權采礦權過程中已經繳納的相關費用，比如探礦權價款、采礦權價款、探礦權使用費、采礦權使用費等。

對到期探礦權，探礦權人不申請延續或者轉為采礦權的，探礦權自然終止。如果探礦權人申請延續或者轉為采礦權，因自然保護區原因不予辦理相關登記的，應當給予探礦權人公平合理的補償。

對探礦權具體補償的方法和標準有兩個，一是成本補償法：包括取得探礦權過程中已經繳納的相關費用，如探礦權價款、探礦權使用費等探礦實際勘查投入，資金占用的成本。二是價值評估法：對探礦權的價值進行評估，根據評估結果給予補償。其中，處于勘查階段的探礦權到期的，如果其勘查結果沒有探明資源量的，經儲量評審認為不應該轉為下一勘查階段或者繼續進行投入的，探礦權自然終止，不需要給探礦權人補償。

這體現了探礦本身屬于高風險的投資行為，特別是在普查階段的探礦行為，如果因為沒有探明資源量而造成投資損失，應當由探礦權人自己承擔。杜絕那些本來計劃主動放棄探礦權，不再打算進行勘查投入的，現在因為自然保護區退出有補償政策而不再主動放棄，要求政府給予補償的情形。

對未到期探礦權，被要求強制退出自然保護區的，應當給予探礦權人補償。補償的具體標準同上。

采礦權到期的，如果采礦許可證年限和礦產資源開發利用方案確定的服務年限一致的，到期依法辦理注銷登記手續，不需要給予采礦權人補償。

采礦權到期的，如果采礦許可證年限短于礦產資源開發利用方案確定的服務年限，采礦權人申請延續，因自然保護區原因不予辦理延續登記的，需要給予采礦權人補償。

對采礦權具體補償的方法和標準包括兩種。一是成本補償的方法：包括補償剩余儲量對應的價款、礦山基本建設投入剩余年限的折舊費用、資金占用的成本。二是價值評估的方法，對目前的采礦權價值進行評估，根據評估結果給予補償。未到期的采礦權，被要求強制退出自然保護區的，應當給予采礦權人補償。具體的補償的方法和標準同上。

需要指出的是，上述勘查投入和礦山開發基本建設投入，由于不同的勘查技術水平、不同的勘查手段和開發設計方案、實際建設水平等情況，可能投入經費數額差距巨大。具體數額應當經政府相關部門核定或者專業的機構進行審計、評估，充分考慮投資的折舊和攤銷性費用。

另外，具體的補償額度應當考慮礦業權退出自然保護區的公益性以及當地政府的財政承受能力，在公平補償的原則下綜合平衡統籌考量。

需要特別強調的是，探礦權人采礦權人退出自然保護區獲得政府補償，并不能因此免責應當履行的其他義務，比如造成地質環境損害應當履行恢復治理的義務、礦山閉坑中的相關義務等。

2017年8月3日，《內蒙古自治區人民政府關于印發自然保護區內工礦企業退出方案的通知》（內政發電(2017) 28號 ）用3年左右時間，實現自然保護區內663處工礦企業全面有序退出。2017年7月底前，自然保護區核心區、緩沖區工礦企業立即關停，實驗區全部停產停業；2018年12月底，取得階段性成果；2020年12月底前，自然保護區內工礦企業全面有序退出，自然保護區生態環境得到有效修復。 

2018年12月底前，探礦權完成退出70%，采礦權和工業企業完成退出30%；

2019年12月底前，探礦權基本全部完成退出，采礦權和工業企業退出率基本達到70%；

其余難度較大采礦權和工業企業于2020年12月底前基本完成退出。 

2017年7月11日，河南省發布“河南省國土資源廳關于深入學習貫徹《礦業權出讓制度改革方案》《礦產資源權益金制度改革方案》精神的意見”（豫國土資發〔2017〕120號）處理好礦產資源開發與生態環境保護的關系。

全省各級國土資源部門要對自然保護區內的礦業權進行全面梳理，建立退出臺賬，按照立即全面停止勘查、開采行為和“先退出、后補償”的原則實施退出。自然保護區內已經過期的礦業權，由登記機關按照規定予以公告，并按注銷方式處理礦業權登記數據。自然保護區內已經到期且已申請延續的礦業權，由登記機關立即作出不予登記決定。與自然保護區少量重疊的礦業權，由登記機關通知礦業權人立即申請縮減與自然保護區重疊部分，并留足保護帶，對廢石廢渣堆放作出明確環保承諾。此項工作必須于2017年7月25日前完成。

新華社長沙８月３日電（記者白田田）記者從湖南省國土資源廳獲悉，針對中央環保督察反饋意見，湖南國土部門要求自然保護區內的各類探礦權人、采礦權人全部停止探礦、采礦等行為，暫停為其辦理延續與變更工作，全省范圍內暫停新設礦權。

2017年7月18日，四川省國土資源廳就加強涉自然保護區和國家公園礦業權整改發出緊急通知。要求根據難易程度、區分輕重緩急，按照立即整改、短期整改、限期整改三類，切實加強對涉自然保護區和國家公園礦業權的整改。對到期未申請延續的、當地政府納入關閉名單或存在違法違規行為被當地政府作出關閉決定的，以及礦業權人作出承諾自愿放棄礦業權并由當地政府作出退出決定的，國土資源部門應及時逐級上報登記機關申請注銷（吊銷）礦產資源勘查許可證、采礦許可證；礦業權人已簽訂退出協議的，立即啟動退出程序，國土資源部門應積極配合相關部門，督促礦業權人進行地面設施拆除、井硐封閉以及地表生態植被恢復等工作，及時申請注銷礦產資源勘查許可證、采礦許可證，并于年底前整改到位。短期內不能整改到位的，要制定整改時間表、路線圖、實施方案和階段目標，上下聯動，合力攻堅，確保限期整改落實到位。

2017年8月2日，山東省關于印發《2017 年環境保護突出問題綜合整治攻堅方案》的通知（魯廳字〔2017〕 35號）。

自然保護區內已取得探礦權、采礦權的礦業權人，一律停止勘查、開采活動，限期有序退出。 自然保護區設立之前已存在的探礦權、采礦權，以及自然保護區設立之后各項手續完備且已征得保護區主管部門同意設立的探礦權、采礦權，分類提出差別化的補償和退出方案，依法退出自然保護區。 自然保護區內已設置的探礦權、采礦權，其查明、保有的資源儲量可作為國家礦產地儲備。 自文件下發之日起，嚴禁在自然保護區內新設探礦權、采礦權，嚴禁在保護區內進行開礦、挖沙、采石等活動，嚴厲打擊非法勘查開采行為，切實維護生態文明建設。 2017 年年底前，各市對自然保護區內設置的探礦權、采礦權進行核實，制定計劃，限期退出。

2017年6月19日，甘肅省印發《甘肅省貫徹落實中央環境保護督察反饋意見整改方案》，方案指出認真落實自然保護區管理有關法律法規和規章制度，對自然保護區內已設置的商業探采礦權，限期退出；對自然保護區設立之前已存在的合法探采礦權，以及自然保護區設立之后各項手續完備且已征得保護區主管部門同意設立的探采礦權，分類提出差別化的補償和退出方案，并組織實施；對不符合自然保護區相關管理規定但在設立前已合法存在的其他歷史遺留問題，制定方案，分步推動解決。

2017年5月22日國土資源報消息，廣東省國土資源廳研究制訂了《廣東省國土資源廳關于環境保護督察反饋意見的整改方案》。擬對11宗位于自然保護區內的采礦權吊銷證照并進行生態恢復；對3宗與自然保護區存在部分重疊的采礦權責令縮小礦區范圍，退出自然保護區；對3宗與自然保護區存在部分重疊的探礦權，責令停止探礦勘查活動，注銷探礦權；對1宗不與自然保護區重疊、但位于環保陸域嚴控區的探礦權，采取責令停止勘查活動，并注銷探礦權。下一步將進一步完善審批制度，按照“誰審批，誰負責”的原則，嚴格審批涉及自然保護區的項目，防止類似情況再次發生。

2017年2月24日，國土資源報消息，重慶局制定的《重慶市自然保護區內礦業權差別化退出工作方案》明確，自然保護區內已設置的商業探礦權、采礦權限期退出；自然保護區設立之前已存在的合法探礦權、采礦權，以及自然保護區設立之后各項手續完備且已征得保護區主管部門同意設立的探礦權、采礦權，分類提出差別化的補償和退出方案，在保護探礦權人、采礦權人合法權益的前提下，依法退出自然保護區核心區和緩沖區；禁止社會資本進入自然保護區探礦，保護區內探明的礦產只能作為國家戰略儲備資源。

2017年1月18日，寧夏國土資源廳消息，在規范采礦權管理方面，國土廳要求各級礦政管理部門嚴格采礦權審批登記管理，各類采礦權原則全部通過寧夏礦業權交易平臺公開出讓。今后，凡是涉及全區14個自然保護區、風景名勝區內和公路、鐵路等周邊可視范圍內一律不得新設采礦權，以往設置在自然保護區內的采礦權也一律不予辦理延續等登記手續，要嚴格按照國家相關要求限期關閉退出。

2016年11月25日，云南省國土資源廳下發《關于礦業權涉及各類保護區辦理登記有關問題的通知》，明確礦業權涉及各類保護區辦理登記，國土資源部門必須征求環保、住建、林業、交通、水利5個主管部門同意。

云南廳提出，各州（市）、縣（市、區）國土資源局要加強礦產資源規劃與土地利用總體規劃、土地整治規劃的銜接，將自然保護區、風景名勝區、國家公園、三江并流世界自然遺產地、重要飲用水源保護區、基本農田保護區等劃定為禁止開采區或限制開采（勘查）區，禁止區和限開區內嚴禁新設礦業權。

2016年5月26日，廣西壯族自治區國土資源廳召開會議，78個自然保護區內礦權將逐步依法退出。廣西廳提出，要嚴格新設礦業權管理，在自然保護區內一律不得新設商業性探礦權和采礦權，已開展前期工作但還未出讓、或已出讓但尚未辦理登記手續的礦業權涉及保護區的，不再出讓礦業權或辦理登記手續。要依法逐步處置保護區內已設置的商業性探礦權、采礦權，在保障礦業權人合法權益的前提下，依法退出自然保護區核心區和緩沖區。礦業權范圍部分與保護區重疊的，扣除重疊部分范圍后可辦理延續手續。各市可研究探索建立自然保護區礦業權的差別化補償退出機制。

2016年3月11日，陜西省政府召開的全省礦產資源開發“三保三治”行動計劃動員部署電視電話會，會議指出，“十三五”期間，陜西將加強重要生態區域保護，嚴禁在國家自然保護區、森林公園、沙化土地封禁區、地質公園、重要濕地、水源保護地等重要生態區域一定范圍內新設探礦權和采礦權，對已有的礦業權，區分不同情況，依法限期退出或調整。

青海是最早清退自然保護區礦權的省份之一。2015年青海省國土資源廳對《青海省礦產資源總體規劃（2008~2015）》（以下簡稱《規劃》）進行了調整。

一是將原《規劃》中劃為限制勘查區、限制開采區的自然保護區的緩沖區、實驗區劃為禁止勘查區和禁止開采區，即自然保護區全部劃為禁止勘查區、禁止開采區。二是對涉及與自然保護區重疊的部分重點勘查區、重點開采區進行調整，退出自然保護區。三是對涉及與自然保護區重疊的勘查規劃區塊、開采規劃區塊進行調整或撤銷。四是對自然保護區已有礦業權進行穩妥有序調整處理。